これは実は私の勘違いでした。
もともと、マルチモニタにしてあるのが、当然未設定では片方しか映らないわけで、映らないほうはチカチカして目ざわりなので、モニタの電源を切っていたのです。
で、NVIDIAのドライバを入れると、その切っているほうのモニターがメインに切り替わっていて、それなのにモニタの電源を落としているから画面は真っ暗だったのでした。ああ、早く気付けよ。

気付かずにいろんな方法でドライバインストールしました。

参考：
Ubuntu/NVIDIA
Linux(ubuntu)にnvidiaドライバを一発でインストール
ひねもすLinux

で、マルチモニタの設定。

NVIDIAのドライバが入ると、[アプリケーション]-[システムツール]に[Nvidia Settings]というツールがインストールされます。
これで、マルチモニタの設定をします。

「X Server Display Configuration」で、Layoutを調整。
「Configuration」は「TwinView」にすると、両方のモニタが表示されました。
「Separate X Screen」で設定しても有効になりません。

それに、再起動すると元に戻ってしまい、マルチモニタになりません。

どうやら「Save to X Configration File」をクリックした際に、「Unable to create new X config backup file ‘/etc/X11/xorg.conf.backup’.」と出て、設定が保存されていない様子。
どうしてバックアップが作れないのかわからないけど、要するに「xorg.conf」が書き換われば良いのだから、端末で直に編集してみる。内容は「Save X Configuration」の「Show preview」で表示されるのでそのままコピー。
DVI接続のモニタのほうをプライマリに設定。

これでマルチモニタ設定ができました。ホッ。

※追記
設定が保存されないのは管理者権限で操作していない為でした。

$ sudo nvidia-settings

で起動すれば保存できるのでした。